Zapewnianie jakości kształcenia należy do najistotniejszych zagadnień z zakresu organizacji i funkcjonowania systemu szkolnictwa wyższego. System szkolnictwa wyższego w Estonii jest ściśle powiązany z otoczeniem zewnętrznym. Na jego specyfikę i jakość kształcenia mają wpływ standardy całego systemu edukacji i nauki oraz otoczenie społeczno-gospodarcze. W Estonii na tę charakterystykę duży wpływ ma realizowana polityka innowacyjności, współpraca międzynaro-dowa oraz informatyzacja w sferze działalności instytucji publicznych w tym również edukacyjnych, oświatowych i szkolnictwa wyższego. Oceny jakości szkolnictwa wyższego organizuje i przeprowadza Agencja ds. Jakości Szkolnictwa Wyższego zgodnie z zasadami międzynarodowymi. Obecnie oceną jakości kształcenia zajmuje się Estońska Agencja Jakości Edukacji (Estonian Quality Agency for Education, Eesti Hariduse Kvaliteediagentuur – HAKA). Jej działalność jest wysoko oceniana w pracach międzynarodowych stowarzyszeń zajmujących się współpracą w zakresie zapewniania jakości kształcenia.