Wraz z rosnącym zaangażowaniem sektora publicznego w obszarze innowacyjności problematyka kontrolowania wydatkowania środków publicznych na projekty innowacyjne staje się ważnym problemem zarówno dla sektora publicznego, jak i dla pozostałych interesariuszy procesu wprowadzania innowacji – instytutów badawczych, spółek celowych, przedsiębiorstw inwestujących w badania i rozwój oraz środowisk akademickich. Artykuł przedstawia analizę kryteriów stosowanych przez Najwyższą Izbę Kontroli (NIK) w prowadzonych w ostatnich latach działaniach kontrolnych dotyczących realizacji projektów innowacyjnych pod kątem ich aktualności i łatwości stosowania w praktyce. Ponadto artykuł prezentuje propozycje rozwiązań i uszczegółowienia stosowanych kryteriów w celu osiągnięcia większej transparentności i stworzenia wzorca dobrych praktyk realizacji projektów innowacyjnych z wykorzystaniem środków publicznych.