Podstawowym celem badawczym niniejszego opracowania było zwrócenie uwagi na dwa zagadnienia dotyczące zarządzania finansami instytucji gospodarki budżetowej, które na tle obowiązującego brzmienia przepisów ustawy o finansach publicznych rodzą kontrowersje w praktyce gospodarczej. Pierwszym jest zdolność pozyskiwania przychodów z tytułu świadczenia usług tak na rzecz organu założycielskiego, jak podmiotów trzecich, drugim ograniczenie samodzielności finansowej jednostek gospodarki budżetowej w zakresie przeznaczenia wypracowanego przez te podmioty zysku. Przeprowadzona analiza potwierdza tezę, iż treść obowiązujących regulacji ustawowych nie w pełni odpowiada wymogom praktyki gospodarczej, a w szczególności uwarunkowaniom ekonomicznym funkcjonowania rzeczonych jednostek. Wobec stosowanych zasad rozliczeń usług realizowanych na rzecz organów pełniących funkcje organów założycielskich część instytucji gospodarki budżetowej jest w stanie uzyskiwać przychody pozwalające na generowanie zysku wyłącznie dzięki prowadzeniu działalności dodatkowej, którą niejednokrotnie trudno zakwalifikować jako polegającą na wykonywaniu zadań publicznych. Praktyka czerpania przychodów z tego rodzaju działalności zdaje się mieć podstawy w treści obowiązujących przepisów, niemniej jednak zasady prowadzenia gospodarki finansowej w rzeczonym zakresie winny ulec doprecyzowaniu. Nie wszystkie instytucje gospodarki budżetowej przestrzegają również przepisów określających zasady ponoszenia kosztów oraz przeznaczania zysku, co znajduje wyraz w sprzecznych z przepisami ustawy postanowieniach statutów tych jednostek.