Jednym z najbardziej skutecznym systemów ochrony praw człowieka jest system zawarty w Europejskiej Konwencji Praw Człowieka. Europejski Trybunału Praw Człowieka do 2010 r. jedynie w nielicznych wypadach zajmował się sprawami podatkowymi, ponieważ co do zasady wykluczał tę kategorię spraw spod swojej jurysdykcji w dziedzinie ochrony praw podatnika. Zawsze jednak sprawy te były kwalifikowane – stosownie do wymogów art. 6 EKPCz – jako sprawy karne, bądź cywilne (majątkowe). Znacząca zmiana w podejściu ETPCz do spraw z elementem podatkowym nastąpiła od 2011 r. Ze względu na ochronę prawa własności zawartą w Protokole nr 1 ETPCz przyznał podatnikom ochronę związaną ze zwrotem podatku od wartości dodanej w sytuacji, gdy podatnik po swojej stronie wywiązał się z obowiązków ewidencyjnych. Przyjęta linia orzecznictwa ma charakter dominujący,
ale aby uznać ją za utrwaloną, potrzebna jest większa niż dotychczas liczba
orzeczeń ETPCz. Nie ulega wątpliwości, że zmienione orzecznictwo ETPCz może
wywierać istotny wpływ na orzecznictwo sądów administracyjnych w Polsce.